石菖蒲對中樞神經系統(tǒng)有興奮、抑制的雙向調節(jié)作用，既鎮(zhèn)靜安神 (鎮(zhèn)靜、抗驚厥），又醒腦開竅 (興奮、抗抑郁)，對腦組織和神經細胞有很好的保護作用。

石菖蒲揮發(fā)油有強效鎮(zhèn)靜的作用，能抑制中腦和大腦興奮。有抗驚厥作用，石菖蒲揮發(fā)油中的α-細辛醚能對抗驚厥，顯著延長驚厥潛伏期， 減少驚厥次數，能降低癲癇的發(fā)作級別， 延長發(fā)作潛伏期等。

石菖蒲提取物有明顯抗抑郁作用，其機理與石菖蒲中的α-細辛醚能提高動物全腦單胺類物質5-羥色胺 (5-TH) 的含量有關。

石菖蒲有效成分β-細辛醚和丁香酚通過調控凋亡基因的表達，對神經細胞的損傷具有一定的保護作用。

β-細辛醚能下調血管中黏性分子的表達和鈣離子濃度，減少細胞凋亡。β-細辛醚通過調節(jié)某些外周血小板黏附分子和血管間黏附分子和鈣離子濃度，減輕β-淀粉樣蛋白對血管內皮細胞的癡呆損傷。一定劑量β-細辛醚具有保護腦神經細胞、血管內皮細胞和血管平滑肌細胞免受缺氧損傷， 提高細胞存活率的作用。

研究發(fā)現：石菖蒲有效成分β-細辛醚對二亞硫酸鈉復制的缺血-再灌注 (MI-RI) 損傷心肌細胞具有保護作用；β-細辛醚能明顯降低動脈粥樣硬化大鼠血脂CHOL及LDL-C；能改善高粘血癥大鼠的血液流變性；能降低心肌缺血大鼠EF水平、提高NO的含量，降低心肌組織損傷程度和壞死率，對心肌細胞有明顯的保護作用。

石菖蒲揮發(fā)油的主要成分之一細辛醚，其同分異構體α-細辛醚 (α-細辛腦)，臨床上常用于肺炎、支氣管哮喘、慢性阻塞性肺疾病伴咳嗽、咯痰、喘息等疾病的治療。α-細辛腦能對抗組胺、乙酰膽堿，緩解支氣管痙攣起到平喘作用，對咳嗽中樞也有較強的抑制作用；可引起分泌物增加，使?jié)馓底兿?，降低痰液黏滯，易于咳出；有類似氨茶堿松弛支氣管平滑肌作用。

石菖蒲可促進消化，調節(jié)胃腸運動，臨床多用于胃痛、腹痛的治療。

科學研究顯示：石菖蒲揮發(fā)油中α-細辛醚對人食管癌Ec-109細胞有明顯的增殖抑制作用，且具有劑量效應關系；而細胞形態(tài)變化表明， α-細辛醚對Ec-109細胞具有促進凋亡作用。

石菖蒲揮發(fā)油對8種菌株均具有不同的抑制作用，其抑菌效果從強到弱依次是：鏈球菌＞蘇云金桿菌＞產氣桿菌＞金黃色葡萄球菌＞枯草桿菌＞表皮葡萄球菌＞變形桿菌＞大腸桿菌。